馬鈴薯是一種易受真菌、細菌和病毒病為害的作物，但常見的真菌病害有：晚疫病、早疫病、癌腫病、粉痂病、干腐和萎蔫病等。細菌病害有：青枯病、環腐病、黑脛病和軟腐病、瘡痂病。病毒性病害有：馬鈴薯卷葉病毒（PLRV）、馬鈴薯重花葉病毒（PVY）、馬鈴薯普通花葉病毒（PVX）、馬鈴薯潛隱花葉病毒（PVS）、馬鈴薯輕花葉病毒（PVA）、馬鈴薯副皺縮花葉病毒（PVM）馬鈴紡錘塊莖類病毒（PSTVd）等。