第三十六條各級人民政府環境保護主管部門、農牧主管部門以及其他有關部門未依照本條例規定履行職責的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分；直接負責的主管人員和其他直接責任人員構成犯罪的，依法追究刑事責任。

　　第三十七條違反本條例規定，在禁止養殖區域內建設畜禽養殖場、養殖小區的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為；拒不停止違法行為的，處3萬元以上10萬元以下的罰款，并報縣級以上人民政府責令拆除或者關閉。在飲用水水源保護區建設畜禽養殖場、養殖小區的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為，處10萬元以上50萬元以下的罰款，并報經有批準權的人民政府批準，責令拆除或者關閉。

　　第三十八條違反本條例規定，畜禽養殖場、養殖小區依法應當進行環境影響評價而未進行的，由有權審批該項目環境影響評價文件的環境保護主管部門責令停止建設，限期補辦手續；逾期不補辦手續的，處5萬元以上20萬元以下的罰款。

　　第三十九條違反本條例規定，未建設污染防治配套設施或者自行建設的配套設施不合格，也未委托他人對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理，畜禽養殖場、養殖小區即投入生產、使用，或者建設的污染防治配套設施未正常運行的，由縣級以上人民政府環境保護主管部門責令停止生產或者使用，可以處10萬元以下的罰款。

　　第四十條違反本條例規定，有下列行為之一的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為，限期采取治理措施消除污染，依照《中華人民共和國水污染防治法》、《中華人民共和國固體廢物污染環境防治法》的有關規定予以處罰：

　　（一）將畜禽養殖廢棄物用作肥料，超出土地消納能力，造成環境污染的；

　　（二）從事畜禽養殖活動或者畜禽養殖廢棄物處理活動，未采取有效措施，導致畜禽養殖廢棄物滲出、泄漏的。

　　第四十一條排放畜禽養殖廢棄物不符合國家或者地方規定的污染物排放標準或者總量控制指標，或者未經無害化處理直接向環境排放畜禽養殖廢棄物的，由縣級以上地方人民政府環境保護主管部門責令限期治理，可以處5萬元以下的罰款。縣級以上地方人民政府環境保護主管部門作出限期治理決定后，應當會同同級人民政府農牧等有關部門對整改措施的落實情況及時進行核查，并向社會公布核查結果。

　　第四十二條未按照規定對染疫畜禽和病害畜禽養殖廢棄物進行無害化處理的，由動物衛生監督機構責令無害化處理，所需處理費用由違法行為人承擔，可以處3000元以下的罰款